En su segundo período legislativo, de 2002-2006, JOH fue electo como primer Secretario de la Junta Directiva del Congreso Nacional

Para este tiempo, cuando todavía era diputado, Juan Orlando ya aceptaba decenas de miles de dólares en sobornos de Víctor Hugo Díaz Morales (“Díaz Morales”), un narcotraficante hondureño que ahora coopera con el Gobierno de EUA, según el documento Motion in Limine en el caso JOH vs USA.